Bocholt gehört politisch und kulturhistorisch zum westlichen Münsterland, landschaftlich jedoch bereits zum Niederrheinischen Tiefland. Während der Westteil der Stadt mit einer Höhenlage zwischen 15 und 25 Metern über Normalnull dem Naturraum Isselebene zugeordnet wird, gehört der Osten (Stadtteile Barlo, Stenern und Biemenhorst mit bis 48 m ü. NN) zum Naturraum Niederrheinische Sandplatten und markiert den fließenden landschaftlichen Übergang zum Westmünsterland.
Die Stadtgrenze ist im Norden zugleich die Staatsgrenze zu den Niederlanden, im Südwesten zugleich die Grenze zum Kreis Wesel und somit auch die Grenze zum Regierungsbezirk Düsseldorf. Ebenso bildet sie die Grenze zwischen dem Landschaftsverband Westfalen-Lippe, dem Bocholt über den Kreis Borken angehört, und dem Landschaftsverband Rheinland. Durch Bocholt fließt die Bocholter Aa.